본 발명은 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드, 상기 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드를 유효성분으로 하는 세포막투과 전달체, 상기 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드에 목적 물질이 결합하여 이루어진 세포막 투과 복합체, 상기 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드 및 상기 목적 물질을 포함하는 트랜스펙션 키트, 세포막 투과 복합체의 제조를 위한 상기 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드의 용도, 의약의 제조를 위한 상기 세포막 투과 복합체의 용도, 및 상기 세포막 투과 복합체를 대상개체에 투여하여 세포 내로 도입시키는 단계를 포함하는 목적 물질을 세포로 운반하는 방법을 제공한다. 본 발명의 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드는 기존의 TAT 유래 펩타이드보다 세포막 투과 효율이 탁월하므로, 세포 내 다양한 연구 분야뿐만 아니라 높은 효율로 약물이 전달되어야 하는 특정 질환의 치료 목적으로도 사용할 수 있다. 따라서, 본 발명의 막투과 단백질 도메인 기능을 갖는 펩타이드, 상기 펩타이드에 목적 물질이 결합하여 이루어진 세포막 투과 복합체 및 이를 이용한 목적 물질을 세포로 운반하는 방법은 약물 전달 시스템으로서 매우 유용하게 사용될 수 있다.