Skip to search formSkip to main contentSkip to account menu

SAMtools

Known as: BAM format, Sam, Sequence alignment map 
Like many Unix commands, SAMtool commands follow a stream model, where data runs through each command as if carried on a conveyor belt. This allows… 
Wikipedia (opens in a new tab)

Papers overview

Semantic Scholar uses AI to extract papers important to this topic.
2018
2018
Charcoal rot of soybean (Glycine max (L.), caused by Macrophomina phaseolina is a disease of economic significance in the United… 
2017
2017
Abstract : Mogiana tick virus (MGTV) is a segmented Jingmenvirus isolated in 2011 from cattle ticks in Brazil. Here, we present a… 
2016
2016
Next-generation sequencing (NGS) has revolutionized genomic research and is set to have a major impact on genetic diagnostics… 
2014
2014
Throughput from sequencing instruments has been increasing in an unprecedented speed, leading to an explosion of the next… 
2014
2014
Background: Technological advances in high throughput genome sequencing are making whole genome sequencing (WGS) available as a… 
2013
2013
We present a new idiopathic intellectual disability syndrome accompanied with distinctive facial dysmorphology. X-chromosome… 
2013
2013
Current Y chromosome research is limited in the poor resolution of Y chromosome phylogenetic tree. Entirely sequenced Y… 
Review
2013
Review
2013
Introduction High-throughput mRNA sequencing (also known as RNA-Seq) promises to be the technique of choice for studying… 
2012
2012
지놈 브라우저는 유전체 참조서열에 정렬된 다양한 종류의 데이터와 정보를 시각적으로 보여주는 가시화 도구이다. 차세대 시퀀싱 기술을 이용하여 생산되는 서열의 양이 증가함에 따라, 유전학적 데이터 분석을 위해서 많은 시간을 소비하게 되며, 시각적인 가시화 도구가 없이는 분석에 많은 어려움이 따른다. 현재 가장 널리 사용되는 브라우저중 하나는 GBrowse(Genetic Genome Browser)이다. GBrowse는 GFF(Generic Feature Format) 데이터베이스와 염기서열을 저장하는 파일형식인 SAM(Sequence Alignment/Map)파일로 구성된다. 하지만, 유전자 시퀸싱이 일반화되고 그 양이 증가함에 따라, 많은 양의 짧은 단편서열을 파일시스템으로 관리하는 것보다 지놈 브라우저에 알맞은 새로운 데이터베이스 설계를 활용하는 것이 요구된다. 본 연구에서는 데이터 저장 공간을 줄이고, 큰 용량의 유전체 데이터를 지놈 브라우저에 빨리 전달하고 명확한 가시화를 제공하기 위해 설계한 데이터베이스 구조를 제안한다. 제안한 데이터베이스는 줌 레벨을 고려하고, IOT(Index Organized Tables)와 파티션 기법 및 아스키코드에 기반한다. 
2012
2012
The main theme of this thesis research is concerned with developing a computational pipeline for processing Next-generation RNA…