با گسترش فعالیت قارچهای بیمارگر در گیاهان زراعی، انجام مطالعات دقیق را در بحث کنترل آفات و بیماریهای گیاهی، مهم و ضروری به نظر میرسد. شانکر ساقه گوجهفرنگی که در اثر فعالیت قارچ Alternaria alternata f. sp. lycopersici ایجاد میشود، از مهمترین بیماریهای گوجهفرنگی در ایران است. این قارچ فیتوتوکسینی بنام AAL-toxins تولید میکند که بازدارنده بیوسنتز اسفنگولیپد در گیاه میزبان بوده و باعث شانکر ساقه میشود. مقاومت در برابر پاتوژن و عدم حساسیت به توکسین، توسط جایگاه ژنی ASC1 در گیاه میزبان کنترل میشود. پروتئین حاصل از بیان این ژن، قادر به سم زدایی AAL-Toxin است. این تحقیق با هدف ردیابی این ژن در34 ژنوتایپ مهم مورد استفاده در ایران انجام شد. پس از ساخت آغازگر مناسب برای ردیابی ژن دخیل در مقاومت گوجه فرنگی به بیماری شانکر ساقه و این ژن طی واکنش PCRدر ارقام مورد آزمایش ردیابی گردید. سپس محصول PCR توالییابی شده و نتیجه سکوئنس نشان داد که باند ایجاد شده مربوط به ژن مورد نظر می-باشد که از بین ژنوتایپهای مورد آزمایش ارقام کال جیN3، اکسیر فلات،VF Early urbana ، اوان، هیبریدps515، CHفلات، متین، Bonny Bost، هیبرید ایون، دارای ژن ASC-1بودند و برای اولین بار در ایران با روشهای مولکولی به عنوان ژنوتایپهای دارای ژن مقاوم به شانکر ساقه برای مطالعات بعدی معرفی شدند.