본 발명은 과채발효물의 제조방법, 그 방법으로 제조된 과채발효물 및 이를 포함하는 기능성 조성물에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 본 발명은 과일, 야채 또는 이의 혼합물에 효모와 유산균을 단계적으로 접종하여 발효시키는 것을 특징으로 하는 과채발효물의 제조방법, 상기 방법에 의해 제조된 과채발효물 및 이를 포함하는 기능성 조성물에 관한 것이다. 상기 본 발명의 방법에 따라 제조된 과채발효물은 효모나 유산균을 단독으로 접종한 경우에 비해 내산성 및 내담즙성이 우수한 유산균을 고함량으로 함유하며 유기산, 효소, 비타민과 같은 생체에 유용한 생리활성성분을 다량 함유하여 항균활성, 정장활성 및 소취활성이 우수하다. 따라서 본 발명의 과채발효물은 기능성 식품, 다이어트 식품, 항균제, 정장제 및 사료 조성물의 원료로서 매우 유용하다. 과채발효물, 내산성 및 내담즙성, 유산균, 효모, 기능성 조성물