Настоящая статья посвящена исследованию основных аспектов организации системы внутреннего финансового контроля в условиях необходимости повышения качества финансового менеджмента в бюджетной сфере экономики. В статье авторами обобщены и систематизированы особенности организации системы внутреннего финансового контроля в бюджетных и автономных учреждениях. Указанные особенности выявлены по результатам проводимого в профессиональной деятельности анализа осуществления внутреннего финансового контроля и аудита главными распорядителями бюджетных средств городского округа и подведомственными учреждениями. Проводимые контрольные процедуры показывают, что, как правило, под системой контроля учреждения понимают только контроль со стороны бухгалтерии за правильностью ведения бухгалтерского учета и составления бухгалтерской отчетности. Таким образом, в этом случае контроль не рассматривается как система, затрагивающая все бюджетные процедуры, а также как инструмент построения эффективной системы управления учреждением в целом. При этом в отдельных случаях наиболее «продвинутые» руководители учреждений пытаются внедрить комплексный подход к организации системы контроля, однако они не понимают, как можно тестировать построенную систему «на выходе». В связи с этим в статье предложен авторский подход к тестированию системы внутреннего финансового контроля в учреждениях.