فعالیت کرمهای خاکی و قارچهای میکوریزی در خاک، بر جذب آب و عناصر غذایی و عملکرد گیاه تأثیرگذار است. لذا، به‌منظور بررسی تأثیر کرم خاکی (Eisenia fetida) و قارچ میکوریزا (Funneliformis mossea) بر کلونیزاسیون ریشه، وزن خشک اندام هوایی، جذب عناصر فسفر و نیتروژن، کربن آلی و کربن زیست‌توده میکروبی خاک، آزمایشی گلخانه‌ای در ایستگاه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد در قالب طرح کاملا تصادفی با سه تکرار مورد بررسی قرار گرفت. تیمارهای این آزمایش شامل شاهد (C)، کاربرد کرم خاکی(Ew)، کاربرد میکوریزا (AMF) و کاربرد تلفیقی کرم خاکی به‌همراه میکوریزا(AMF×Ew) بودند. نتایج نشان داد که کاربرد میکوریزا (تیمارهای میکوریزا و کرم خاکی به همراه میکوریزا) موجب تفاوت معنی‌دار در درصد کلونیزه‌شدن ریشه نسبت به تیمار شاهد شد. تیمار تلفیقی کرم خاکی به‌همراه میکوریزا به ترتیب باعث افزایش 105 و 79 درصدی غلظت فسفر و نیتروژن در اندام هوایی گیاه ذرت نسبت به تیمار شاهد شدند. تأثیر میکوریزا بر افزایش جذب فسفر و درنتیجه کاهش نسبت N/P و تأثیر کرم خاکی بر افزایش جذب نیتروژن از دو منبع معدنی و آلی و در نتیجه افزایش نسبت N/P در گیاه معنی‌دار بود. تیمارهای آزمایش به طور معنی‌داری موجب افزایش کربن زیست‌توده میکروبی خاک شدند. علاوه بر این کربن آلی خاک در حضور کرمهای خاکی به طور معنی‌داری افزایش یافت. از این رو، در راستای کشاورزی پایداراستفاده از کرمهای خاکی و قارچ میکوریزا آربوسکولار به‌عنوان کود زیستی می‌تواند موجب کاهش مصرف کودهای شیمیایی فسفری و نیتروژنی و افزایش راندمان مصرف این کودها شود.
در گیاهان، شبکۀ پیچیده‌ای از فرایندهای انتقال وجود دارد که در حفظ غلظت یون‌های فلزی ضروری در کده‌های سلولی مختلف عمل می‌کنند و بنابراین آسیب ایجادشده از طریق ورود عناصر به درون سیتوسول را کاهش می‌دهند. قارچهای میکوریز در شرایط مقادیر بالای فلزات به کاهش سمیت فلز در گیاهان قادر هستند. در این پژوهش، تأثیر قارچ میکوریز آربسکول‌دار Funneliformis intraradices بر رشد، تحمل و بیان ژنهای abc ترانسپورتر (ABC) و متالوتیونین (met) در برگ‌ها و ریشه‌های گیاهچههای فستوکای کشت‌شده در خاک آلوده به نیکل بررسی شد. گیاهچههای فستوکای تلقیحشده با قارچ (M+) و بدون آن (M-) در خاک آلوده با غلظت‌های مختلف نیکل (0، 30، 90 و 180 پی‌پی‌ام) به مدت سه ماه کشت داده شد. نتایج بررسی حاضر، تأثیر مثبت کلونیزاسیون قارچی را بر افزایش رشد (17 و 15 درصد افزایش در وزن تر و طول ریشه)، کاهش جذب (در تیمارهای 90 و 180 پی‌پی‌ام نیکل) و کاهش عامل انتقال نیکل از ریشه به اندام هوایی (در تمام سطوح تیمار نیکل) گیاهچههای فستوکا در تنش نیکل نشان داد. نتایج نشان‌دهندۀ تأثیر نیکل بر افزایش بیان هر دو ژن abc و met در ریشۀ گیاهان M+ و M- بود. گیاهچههای تلقیحشده با قارچ میکوریز بیان کمتری از ژنهای abc و met را در مقایسه با گیاهچههای M- نشان دادند. نتایج این تحقیق، اهمیت کلونیزاسیون قارچ میکوریزF. intraradices را در کاهش انتقال نیکل از ریشه به ساقه در گیاهچههای فستوکا و کاهش اثرات تنش نیکل نشان می‌دهد.
قارچهای تشکیل دهنده میکروفلور خاک قادرند تا علاوه بر تسهیل جذب عناصر معدنی، موجب کاهش بیماری‌ها، بهبود ساختمان خاک، تحریک رشد گیاه و افزایش کمی و کیفی محصول شوند. در این مطالعه، نمونه‌ها‌ی خاک از یک مزرعه زعفران واقع در شهرستان شهریار جمع آوری و میزان pH، درصد همزیستی ریشه‌ها و تعداد اسپور قارچ میکوریزا در فصول مختلف در خاک بستر رویشی پیاز زعفران بررسی گردید. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک، در مجموع، نه گونه قارچ میکوریزایی در میکروفلور زعفران جداسازی و شناسایی شد. در بخش دیگری از این تحقیق، تأثیر قارچ Funneliformis mosseae بر رشد رویشی گیاه زعفران مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از مقایسه ارتفاع، وزن تر اندام هوایی و ریشه گیاهان تیمار شده با میکوریزا در سطح احتمال 05/0p≤ نسبت به شاهد اختلاف معنی‌داری نشان دادند.
آلودگی خاک زمین های محدود زراعی به مواد سمی در طول چند دهه اخیر افزایش چشمگیری داشته است . گیاه پالایی فن آوری استفاده از گیاهان برای حذف، تجزیه یا کم خطرتر کردن مواد سمی موجود در خاک است. همزیستی قارچ ها با ریشه گیاهان کارایی گیاهان همزیست را در پالایش خاک های آلوده از مواد سمی افزایش می دهد. قارچ Hebeloma mesophaeum که همزیست سطح ریشه گیاهان نوئل نروژی، راش، توسکا، بیدمجنون و بیدمشک است، با جذب و غیرفعال کردن فلزات سنگین آلاینده موجود در خاک در شبکه ریسه ای هارتیگ خود در پوست ریشه، به استقرار و رشد بهینه این گیاهان در خاک های آلوده کمک می کند. قارچ های همزیست ریشه آربوسکولار Funneliformis mosseae ، Claroideoglomus etunicatum ، Septoglomus deserticola ، Glomus versiforme و G. intraradices به ذرت، سویا، شبدر، شبدر زیرزمینی، گوجه فرنگی و اکالیپتوس در استقرار و رشد بهینه و جذب بیشتر عناصر غذایی در خاک های آلوده به کادمیوم، سرب، روی، آرسنیک و مواد نفتی کمک کرده اند. این قارچ ها با تثبیت این عناصر و مواد آلاینده در شبکه ریسه ای خارج ریشه ای خود باعث غیرفعال شدن آن ها می شوند. بنابراین قارچ های همزیست ریشه می توانند کمک زیادی در احیای زیستی زمین های آلوده بنمایند.