مقدمه: سپتی سمی هموراژیک ویروسی به‌عنوان جدی‌ترین بیماری ماهی قزلآلای رنگینکمان درصنعت آبزی‌پروری شناخته شده است. در مطالعۀ حاضر ژن گلیکوپروتئینی ویروس سپتی سمی هموراژیک ویروسی (VHS) شناسایی شد، و تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیکی برخی ویروس‌های جداشده از ماهیان قزلآلای رنگینکمان کشور انجام شد. مواد و روش ها: نمونه‌های مشکوک به بیماری VHS که از مزارع پرورش قزلآلای رنگینکمان استان چهارمحال و بختیاری جمع‌آوری شده بود با استفاده از آزمون (RT- PCR) Reverse transcriptase PCR سنجش شد. در این میان هشت نمونه به‌عنوان سویۀ مثبت شناسایی شد. در این تست، ژن گلیکوپروتئینی (G) ویروس ردیابی گردید و جهت تعیین ردیف نوکلئوتیدی تعیین توالی شد. نتایج حاصل از مقایسۀ ردیف نوکلئوتیدی تعیین‌شده در این مطالعه با توالی شناخته‌شدۀ ژن گلیکوپرتئینی سایر ویروس‌ها مطالعۀ فیلوژنتیکی شد. نتایج: نتایج حاصل از مطالعۀ حاضر نشان داد که بین صفر تا 4/7 درصد تنوع ژنتیکی در ژن گلیکوپروتئینی وجود دارد و در این میان بیشترین قرابت با ردیف نوکلئوتیدی ژن گلیکوپروتئینی درآلمان (توالی EU708818) با 100درصد تشابه و کمترین قرابت مربوط به جدایه‌های این ویروس در ژاپن (توالی AB672616) و ترکیه (توالیJF415091) هر کدام با 60/92 درصد قرابت مشاهده شد. بحث و نتیجه گیری: با توجه به قرابت ژنتیکی ویروس‌های VHS جداشده از ایران با سویه‌های اروپائی به‌ویژه آلمان و فرانسه احتمال وجود ارتباط بین شیوع بیماری VHS ایران و تخم‌های چشم‌زدۀ وارداتی از کشورهای ذکرشده وجود دارد.