본 발명은 포유 동물 조직으로부터 지방 줄기 세포를 분리하기 위한 자동 시스템을 제공한다. 이 시스템은 완충액, 조직 샘플과 분해액을 보관하기 위한 복수의 용기들을 포함한다. 조직 처리 유닛은 조직을 처리하기 위하여 용기들에 유체에 의해 연결된다. 조직 처리 유닛은 조직의 수분과 지방 부분을 분리하기 위하여 세척 공정, 분해 공정, 상 분리 공정 및 그들의 조합의 적어도 하나를 수행한다. 세포 농축 유닛은 조직 처리 유닛으로부터 조직의 수분을 수용하기 위하여 조직 처리 유닛에 유체에 의해 연결된다. 세포 농축 유닛은 필터 진동기에 의해 여과 조립체를 진동시킴으로써 조직의 수분을 여과한다. 조직 처리 유닛과 세포 농축 유닛에 유체에 의해 연결가능한 폐기물 수집 유닛은 폐기물 조직을 수용하기 위하여 제공된다. 이 시스템은 추가로 시스템의 동작을 제어하기 위한 제어 유닛을 포함한다.