Впервые проведен сравнительный анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов двадцати ампликонов, покрывающих в сумме полные геномы 21 штамма вируса натуральной оспы (ВНО) Российской коллекции. Ампликоны были получены с помощью длинной полимеразной цепной реакции. Создана база данных, которая может быть использована как референс-система для идентификации штаммов ВНО. Выполнено сравнительное исследование ДНК штаммов ВНО, имеющих различное географическое происхождение. Наибольшие различия между штаммами сосредоточены в вариабельных концевых районах геномов. На всех построенных дендрограммах присутствуют три группы штаммов ВНО: африканские, азиатские изоляты и штаммы ВНО alastrim. Штаммы alastrim демонстрируют наибольшие отличия от остальных штаммов ВНО. Штаммы ВНО, выделенные от больных во время завозной вспышки натуральной оспы в Москве (1960 г.), входят в группу азиатских изолятов ВНО. Впервые выявлен полиморфизм штаммов ВНО внутри одной численно малой вспышки натуральной оспы.