본 발명은 중쇄 아미노카르복시산의 생산 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 ω-산화 대사 경로 중의 지방 알데히드 디하이드로게나아제 유전자 및 β-산화 대사 경로 관련 유전자가 제거되고, 또한 ω-트랜스아미나아제 유전자가 도입된 재조합 미생물 및 상기 재조합 미생물을 배양함으로써, 지방산으로부터 중쇄 아미노카르복시산을 생산하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 재조합 미생물은 지방 알데히드의 추가적인 산화 및 β-산화 대사를 방지하고, 또한 말단에 아민기를 도입함으로써 지방산과 같은 기질로부터 중쇄 아미노카르복시산, 예컨대 나일론 12의 원료가 되는 12-아미노도데칸산을 높은 수율로 생산할 수 있다.