کنترل زمان گل‌دهی یکی از مهم‌ترین اجزای اثر متقابل بین گیاهان و محیط رشد آن‌ها می‌باشد که نه تنها برای میزان محصول تولیدی بلکه برای کیفیت دانه برنج نیز عامل مهمی به‌حساب می‌آید. در این تحقیق مطالعات فنوتیپی و مولکولی بر روی 45 رقم برنج محلی و اصلاح شده انجام شد. ابتدا چندشکلی ژنهای Ehd1 و Ehd3 در بین ارقام و سپس ارتباط این دو ژن با زمان خوشهدهی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج مطالعات فنوتیپی حاکی از وجود تنوع بیشتر در ارقام محلی نسبت به ارقام اصلاح شده بود. ارقام محلی به‌طور متوسط 8 روز زودرس‌تر از ارقام اصلاح شده بودند و تفاوت زمان خوشهدهی آن‌ها معنی‌دار بود. آغازگرهای اختصاصی طراحی شده براساس هم‌ردیف‌سازی چندگانه، توانست چندشکلی مورد انتظار را بین ارقام مختلف آشکار سازد. تجزیه ارتباط در جمعیت مورد مطالعه نشان داد که ژن Ehd1 نسبت به ژن Ehd3 تأثیر بیشتری بر زمان خوشهدهی داشت (1/12 در مقابل 4/5 درصد) و اثر افزایشی آن‌ها به‌ترتیب 4/3 و 2/2 روز برآورد شد. با توجه به کمی بودن صفت مورد مطالعه و اثر کم دو ژن فوق بر زمان خوشهدهی، می‌توان نتیجه‌گیری نمود که به‌نژادگر هنگام اصلاح ارقام زودرس باید به نقش سایر ژن‌ها و اثرات متقابل آن‌ها نیز توجه نماید.