Представлено клиническое наблюдение больного хроническим миелолейкозом (ХМЛ), получавшего лечение иматинибом мезилатом, у которого на фоне полного цитогенетического ответа через 6 лет с момента установления диагноза в Ph-негативных клетках костного мозга (КМ) обнаружена inv(3)(q21q26), характерная для миелодиспластического синдрома (МДС) и острого миелоидного лейкоза (ОМЛ). Транслокация t(9;22)(q34;q11) в клетках КМ больного в этот период и при последующих исследованиях не выявлена. Обнаружение inv(3)(q21q26) ассоциировалось с появлением симптомов МДС: первоначально с лейкопенией, затем с анемией и тромбоцитопенией, которые прогрессировали на протяжении последующих 3,5 лет на фоне персистенции inv(3)(q21 q26) в клетках КМ больного. Количество бластных клеток в миелограмме постепенно нарастало, достигнув 11,5% к февралю 2014 г. В этот период, через 3 года после первичной регистрации inv(3)(q21q26), по результатам гистологического исследования КМ отмечали трансформацию МДС в ОМЛ. Приведен обзор данных литературы о частоте и сроках выявления клональных хромосомных аномалий в Ph-негативных клетках КМ больных ХМЛ при терапии препаратами ингибиторов тирозинкиназы, о наиболее часто выявляемых аномалиях кариотипа у этих больных и их возможном клиническом значении.